→ BIOL MOL 4 → Start Learning / Download MP3 Flashcards

Question		Answer
Mutacja co to start learning		dziedziczne stałe zmiany w sekwencji zasad DNA.
Czy może być mutacja punktowa? (przykład) start learning		tranzycją (GC -> AT) lub transwersją (GC -> TA)
Co może powodować przesunięcie ramki odczytu kodu genetycznego? start learning		Delefecje i insercje
Mutacje ciche, co robią start learning		Nie wywołują zmiany fenotypowej
Mtacje missensowe co robią? start learning		Zmieniają sens kodonów
Od czego zależy wysoka precyzja replikacji DNA? start learning		od właściwego tworzenia par zasad nici matrycowej i napływających nukleotydów w miejscu aktywnym polimerazy DNA, sprawdzania i korekty włączanych zasad przez egzonukleazę 3'->5' i od fuunkcjowania aparatu naprawy
Co rozumiemy przez wysoką precyzję replikacji DNA? start learning		1 błąd na 10^10 wbudowanych zasad
Głowne produkty naświetlania DNA promieniami Uv? start learning		dimery pirymidynowe
Mutacje chemiczne- co to start learning		Analogi zasad, które mogą ulec niewłaściwemu sprowaniu podczas replikacji DNA
co powoduje kwas azotawy? start learning		deaminację cytozyny i adeniny
Co robią czynniki alkilujące i arylujące? start learning		Wytwarzają zw. addycyjne, które mogę blokować tranksrypcję i replikację oraz powodować mutacje przez bezpośrednią lub pośrednią mutagenezę
Jaka jest większość mutagenów chemicznych? start learning		kancerogenna
Jak jest naprawiana większość uszkodzeń w DNA? start learning		przez mechanizmy naprawy przed przejsciem widelek replikacyjnych
Co jeżeli nie nastąpi naprawa przed przejściem widełek replikacyjnych? start learning		Może dojść do błędnej syntezy DNA z udziałem wyspecjalizowanej polimerazy DNA i 1 lub wiecej niewlasciwych zasad zostanie wbudowana naprzeciw uszkodzenia (mutageneza pośrednia)
mutacja punktowa na czym polega start learning		na zmianie pojedyńczej zasady
Mutacja cicha, co to? start learning		mutacja występująca w niekodującej lub nieregulatorowej części DNA albo w trzeciej pozycji kodonu
Mutacja missensowna start learning		Wynikiem mutacji jest zmiana aminokwasu w produkcie białkowym genu
Mutacje nonsensowne start learning		Mutacje, które powodują powstanie nowych kodonów stop
Co powodują mutacje nonsensowne? start learning		Skracanie produktów białkowych
Co mogą powodować insercje i delecje? start learning		Przesunięcie ramki odczytu
Kiedy może powstać polimorfizm genetyczny? start learning		Kiedy nagromadzi się wiele cichych i nieletalnych mutacji w populacjach
Jakie mutacje mogą prowadzić do nowotworzenia? start learning		Mutacje działające na procesy wzrostu i śmierci komórki
Podstawowy proces przekształcenia leków do nieaktywnych form start learning		to acetylacja i utlenianie
U człowieka najczesta polimorfizmy dotyczą start learning		idoform cytochromu P-450 tj CYP2D6, CYP2C19 lub N-acetylotransferazy
CYP1A1 start learning		na chromosiomie 15; mała zmienność genetyczna; wykazują aktywność w keratynocytach (zainteresowanie w leczeniu chorób skóry
!!!); mutacja genu m1 lub m1 i m2 - cyp1a1, u kogo start learning		często u osób z trądziiem pospolitym
mutacja m2 - cp1a1 start learning		rak sutka i endometrium;
Udział związków egzogennych - cp1a1, co sprawia? start learning		udział związków egzogennych zwiększa ryzyko raka płuc, przełyku i gruczołu krokowego przez upośledzenie metabolizmy karcynogenów
CYP1A2*1C start learning		zmiejszona aktywność enzymów;
CYP1A2*1F start learning		prowokuje zmiejszenie indukcji genu; kliniczne róznice u Azjatów i Afrykanów
CYP1A2 start learning		na chromosomie 15; odpowiada za wątrobowy metabolizm np. paracetamol, teofilina czy neuroleptyki;`Choroby nowotworowe tj rak jądra, trzustki
CYP1B1 start learning		– na krótkim ramieniu chromosomu 2; udział w hydroksulacji estrogenów i metabolizmie prokarcynogenów; nowotwory estrogenozależne; zwiększa ryzyko wystąpienia jaskry z otwartą kątem przesączania
CYP2A6 start learning		częstość wystąpienia zmutowanych alleli to 3%; zlokalozowany na chromosomie 19; odpowiedzialny za metabolizm np. kumaryny, halotan, disulfiram. nikotynę i inne składniki dymu papierosowego; nie ma powinowactwa z rakiem płuc
CYP2B6 start learning		na chromosomie 19; nieprawidłowy alle 5 u 11-14%, a 7 u 3%; odpowiedzialny za metabolizm wątrobowy fenobarbitalu, klotrymazolu i cyklofosfamidy; inhibitorem dla klopidogrelu
znanymi lekami zwiększającymi aktywność enzmymów cyp1a2 start learning		fenytoina, omeprazol i karbamazepina;
znanymi lekami zmniejszającymi aktywność enzmymów cyp1a2 start learning		cymetydyna i cyprofloksacyna.
CYP2C8 start learning		za metabolizm wątrobowy cytostatyków, niesteroidowych lekór przeciwzapalnych, a także antyarytmiczne jak amiodaron; przemiana wąsów aracgudonowego; zaburzenie funkcji tego enzymów powoduje np. nadicninie tętnicze i ostre zespół wieńcowy
CYP2C9 start learning		metabolizm leków doustnych antykoagulantów, leki przecwicukrzyczowe, niesteroidowe leki przeciwzapalne czy sartany(losartan; walsartan; irbesartan- metabolizowane; kandesartan eprosartan; olmesartan; telmiartan- niemetabolizowane)
CYP2C18- start learning		zwiększa efektywność omeprazolu,
CYP2C19 start learning		omeprazol go inhibituje; działa hamująco na esomeprazol; fluwoksamina, fluksetyna, moklobemid, worykonazol, flukonazol, tyklopidyna
cyp3a4 start learning		działą na statyny i kropidofrel; leki metabolizowane: atorwastatyna, lowastatyna i simwastatyna; niemetabolizowane - -rawastatyna i fluwastatyna. Klopidogren aktywowany przez ten cyp wraz z CYP2C19;
genetyczne uwarunkowana wrażliwość na chlorek suksametonium start learning		ten chlorek jest depolaryzującym lekiem zwiotczającym m. szkieletowe; ma bardzo krótki czas działania; najpierw twarza, krtani, miedzyzebrowe, przepona, i pozostałe; działanie po 1min a działąnie 3-6 min;
hipertemia złośliwa start learning		– nie spowodowa działaniem jednego leku, temp ciała 43-44 stopni; mutacja genu 19q13.1 jest przyczyna; zmutowana forma uwalnia wapni do cytoplazmy; co powoduje napiecie mieśni, drżenia mięśniowe; dziedziczona autosomalnie dominująco
jakie leki - hipertermia złośliwa start learning		wyzwalają ją anestetyki wziewne (halotan, izofluran, enfluran, eter dwuetylowy); anestetyki dożylne (ketamina), leki zwiotczające (suksametonium, deksametonium, galamina), glikozydy naparstnicy;
akatalazemia (choroba Takahary) i hipokatalazemia start learning		gen zlokalizowany na krótkim ramieniu 11 (11p13); dziedziczony autosomalnie recesywnie!!!; obajwy: owrzodzenie śluzówek jamy ustnej, owrzodzenie podudzia i skłonność do wczesnego wypadania zębów
metabolizm alkoholu etylowego - I etap start learning		pierwszy etap utleniania etanolu jest katalozowany przez ADH 1 i ADH2 (objawy zaczerwienie skóry; bóle głowy; psabienie, nudnośći, bóle brzucha i hipotonia);
metabolizm alkoholu etylowego - II etap start learning		drugi etap zachodzi przy dehydrogenazie aldehydowej cytoplazmatycznej (ALDH1) i mitochondrialnej (ALDH2); produktem jest kw octowy który przechodzi do acetylokoenzymu A;
porfilie start learning		jest wątrobowa i erytropoetyczna; ostra porfilia przerywana (OPP)- dziedzczona autosomalnie dominująco
krzywizna oporna na wit D3- start learning		mutacja genu VDR odpowiada za powstawanie krzywicy opornej na wit d3 i jest dziedziczona dominująco z sprzężeniu z chromosmie X!!!; inna przyczyna może być niedobór hydroksylaz odpowiedzialnych za proces aktywacji wit d3
ekogenetyka start learning		– jedna z dziedzin jest nutrgenomika – zajmują się uwarunkowanymi genetycznie reakcjiami organizmu na obecne w diecie składniki pokarmowe
niedobór dehydrogenazy glukozo-6-fosforanowej- G6PD odpowiedzialny za... start learning		powstawanie głownego czynnika redukującego w komórkach czyli NADPH;
niedobór dehydrogenazy glukozo-6-fosforanowej- G6PD: gdzie, co robi start learning		zlokalizowany na X (Xq28); skróca czas przeżycia erytrocytów; obajwami są żółtkaczka u niemowląt i ostra lub przewleka żółtaczka hemolityczna; spożycie bobu (VICIA faba) i innych strączkowych mogą to powodować;
niedobór α-1-antytrypsyny start learning		jest głownym osoczowym enzymem o aktywnośći antyproteazowej; gen PI kodujący syntezę α-1-antytrypsyny jest zlokalizowany na 14 (14q32.1);
niedobór α-1-antytrypsyny, a homozygoty recesywne start learning		homozygoty recesywane są narażone na działąnie enzymów proteolitycznych pochodzących z własnego ukłądu odpornościowego, jak i uwalnianych przez bakterie w obrebie dolnych dróg oddechowych
niedobór paraoksonazy, jaki gen start learning		gen PON1 zlokalizowany na 7 (7q22) i jest sprzężony z genem CFTR (7q31-q32) odpowiedzialny za syntezę błonowego kanału chlorkowego, którego mutacja prowadzi do mukowiscydozy!!!. w enzymie o niskiej aktwynosci w pozycji 191 argininę zastępuje glutamina
niedobór paraoksonazy start learning		w wyniku zatrucia obajwy związane z nadmiarem ilością acetylocholiny (silna stymulacja ukł przywspółczulnego); objawy to ślinotok, nadmierna produkacja śluzu w drzewie oskrzelowym, bradykardia, drżenie i skurcze mięśniowe;
hemochromatoza start learning		dziedzczona autosomalnie recesywnie!!!; gen HFE lokalizacja na chromosmie 6 (6p21.3); w wyniku mutacji zwiększa się wchłanianie żelaza z pożywki;
hipolaktazja (niedobór laktazy) start learning		kontrolowana przez 3 allele (L- całe życie; l1 – brak w okresie dorosłym; l2 – wgl nie ma)
Fenyloketonuria start learning		dziedzicozna autosomalnie recesywnie (12q24.1); przyczyną jest uszkodzenie genu kodującego hydroksylaże fenyloalaniny przekształcającej fenyloalaninę w tyrozynę; nieleczenie powoduje ciężkie upośledzenie umysłowe
wrażliwość smaku na fenylotiomocznik start learning		występuje w wielu jarzynach; warunkuje tą wrażliwość gen dominujący T; homozygota recestwna nie będzie odczuwać tego smaku; osoby odczuwające gorzki smak PTU wykazują mniejszą skłonność do palenia papierosów i picia napojów alkoholowych
celiakia- start learning		wywołana brakiem swoistej aminopeptydazy; gliadyna jeden ze składników glutenu nie zostaje rozkładana do aminokwasów; w efekcie zanikają kosmki, pojawiają się nacieki komórek plazmatycznych, a w dalszej kolejności obajwy zespołu złęgo wchłaniania
stosowanie węglanu litu może prowadzić do start learning		powstania wad serca, w tym koarktacji aorty i zespołu Ebsteina
jakie leki - atak porfirii start learning		lekami króre mogą powodować ten atak to: barbiturany, sulfonamidy, leki przecwibólowe, antybiotyki, alkaloidy sporyszu, etanol, doustne środki antykoncepcyjne;
Transpozony start learning		(sekw. ruchome) - fragmenty DNA zdolne do przemieszczania się w obrębie genomu, bezpośrednia transpozycja (bez etapu RNA), sekw. ruchome
retrotranspozony start learning		przemieszczają się w genomie nie tylko w obrębie jednej komórki, sekw. ulegają odwrotnej transkrypcji i w postaci DNA integrują się z genomem w nowym miejscu
retropozony start learning		przemieszczają się w genomie w obrębie komórki, mechanizm ten sam jak u retrotranspozonów
Satelitarny DNA start learning		podczas ultrawirowania w gradiencie gęstości CsCl bardzo lekki lub bardzo cięzki 3 frakcje satelitarne: satelitarny I - lekki, ↑ A+T satelitarny II, satelitarny III - ciężki, ↑ G+C
Satelitarny DNA, gr I start learning		heterogenna grupa powtórzeń 5 pz., głw. skł. frakcji II i III (np. w heterochromatynie ramion q chromosomu Y)
Satelitarny DNA, gr II start learning		↑ A+T, głw. skł. frakcji I, grupa powtórzeń 17 pz (typ A) lub 25 pz (typ B) (np. ramiona q chromosomu Y)
satelitarny DNa, gr III start learning		↑ G+C, grupa powtórzeń 70 pz lub 140 pz, ok. 4000 kopii
Satelitarny DNA, gr IV start learning		regiony centromerowe wszystkich chromosomów, 3% genomu człowieka
Satelitarny DNA, gr V start learning		grupa powtórzeń 2400 pz, ramiona q chromosomu Y
minisatelity start learning		sekw. satelitarne o ↓ liczbie powtórzeń, np. intron genu mioglobiny (4 powtórzenia sekw. 33 pz)
Izochory start learning		długie liczące ponad 300 000 pz regiony DNA o homogennym składzie zasad azotowych
rodziny izochor start learning		podział ze względu na zawartość i sumę par G+C oraz gęstość (wykazaną w wirowaniu z Cs 2 SO 4 w obecności soli Ag)
L1 i L2, izochor start learning		62% genomu człowieka - rodziny izochor lekkich (↓ G+C), niska gęstość genów
H1 i H2, izochor start learning		31% genomu człowieka - rodziny izochor ciężkich (↑ G+C)
izochor h3 start learning		3-4% genomu człowieka - rodziny izochor ciężkich (↑↑↑ G+C), najwyższa zawartość genów (20x większa), „rdzeń genomu”
wyspy CpG start learning		rejony niezmetylowane, wielkość 1 kb, występuje deoksycytydyna i deoksyguanozyna - dinukleotydy CpG, ↑ wrażliwe na restryktazy, G+C = 65% prawdopodobnie regiony promotorowe, oddziałują z czynnikami transkrypcyjnymi, głównie w cytogenetycznych prążkach R
Zawartość poszczególnych rodzin izochor a prążki chromosomalne - g start learning		głównie z L1 i L2
Zawartość poszczególnych rodzin izochor a prążki chromosomalne -r start learning		prążki T zbudowane z H2 i H3, prążki R’ głównie H1, podklasy: T’ głównie H3 i H2, R” brak H3 i H2
Zawartość poszczególnych rodzin izochor a prążki chromosomalne - t start learning		46-58% genomu człowieka, ↑ aktywność transkrypcyjna, ↑ wysp CpG
mtDNA dziecka (matka ojciec) start learning		99,9% mtDNA matki + 0,1% mtDNA ojca
mitochondrium, a dna start learning		śr. 1000 mitochondriów w pojedynczej kom. Somatycznej, najwięcej w kom. włókien mięśniowych, nerek
mtDNA start learning		nie ulega rekombinacji, trudno go naprawić, ok. 10x więcej mutacji w mtDNA niż w jądrowym (głw. mutagen to wolne rodniki tlenowe), dwuniciowy, kolisty, 16 569 pz
region intercistronowy start learning		87 pz, reszta genów leży bez przerw (duża oszczędność)
overlap/nadpisanie jednaj zasady start learning		ostatnia zasada jednego genu jest również pierwszą kolejnego
ile genow koduje RNA? start learning		22
sekwencjonowanie dubeltówkowe start learning		pocięcie badanego DNA na ↑↑↑ fragmentów, sekwencjonowane, dopasowywanie „tekstów” poszczególnych fragmentów przeprowadzane komputerowo, metoda jest szybsza
Mapowanie genomu start learning		przypisanie konkretnym genom określonych pozycji na chromosomach
mapa genetyczna start learning		pomiar tendencji dwóch nieallelicznych genów do wspólnego segregowania podczas mejozy (identyfikacja sprzężeń)
mapa cytogenetyczna start learning		odzwierciedlają pasmowy ukł. prążków w zależności od stosowanej metody wybarwiania, np. FISH (dokładność ok. 100 tys. pz)
mapa fizyczna start learning		ukazują położenie genu w specyficznym miejscu na chromosomie, wymagają bezpośredniego badania DNA, mają różną rozdzielczość
co wykorzystują mapy genetyczne? start learning		wykorzystują markery genetyczne (np. RFLP, SSLP, SNP) do identyfikacji locus częstość z jaką dwa geny są rekombinowane jest wprost proporcjonalna do ich odległości na chromosomie
Krzyżówki wielopunktowe start learning		przeprowadzane w mapowaniu genetycznym, jeśli jest możliwość eksperymentów hodowlanych umożliwia ustalić pojedynczy i podwójny crossing-over częstość podwójnych crossing-over jest iloczynem pojedynczych crossing-over dwóch sąsiednich obszarów chromosomu
współczynnik koincydencji start learning		(K) - stosunek częstotliwości wykrytych podwójnych crossing-over do częstości obliczonej z ww. iloczynu (oczekiwana częstość) K< 1 koincydencja pozytywna, K> 1 koincydencja negatywna, interferencja całkowita - podwójny crossing-over nie zachodzi K=0
logarytm ilorazu szans (lod score) start learning		metoda oparta na pomiarze serii prawdopodobieństw, czy geny są sprzężone
Mapy fizyczne start learning		11. Mapy fizyczne jednostka mapowania fizycznego - para zasad (bp) zazwyczaj wstępny etap do sekwencjonowania genomu najczęściej stosowane: mapowanie restrykcyjne, mapowanie STS
Mapowanie restrykcyjne start learning		stosowanie enzymów restrykcyjnych (najczęściej dwóch), cięcie nici DNA w określonych miejscach układ miejsc restrykcyjnych jest unikatowy - ich obraz jest charakterystycznym znakiem danego odcinka genomu
Mapowanie miejsc zaznaczonych sekwencyjnie (STS) start learning		przypisywanie określonym odcinkom genomu sekw. unikatowych (zazwyczaj 100-150 bp, VNTR/STS)
est start learning		unikatowa sekwencja, która znajdzie się w analizowanym genomie
Rekombinacja homologiczna u e coli start learning		Homologiczna (HR) - za nią odpowiada crossing-over kontrolowana u E. coli przez białka - kompleks RecBCD (helikaza i nukleaza), przygotowuje DNA do rekombinacji, rozplątuje, oddziela nici SSB stabilizuje ssDNA DNA łączy się z RecA
Rekombinacja niehomologiczna start learning		mikrohomologia, homologiczne fragmenty 1-6 pz, blisko miejsca pęknięcia ułatwia łączenie wolnych końców
Rekombinacja zlokalizowana start learning		dotyczy wymiany niehomologicznych, ale specyficznych fragmentów katalizowana przez białka rozpoznające specyficzne sekw. zasad
Rekombinacja transpozycyjna start learning		proces z wykorzystaniem zasad rekombinacji, prowadzi do przeniesienia fragmentu DNA (transpozonu) w inne miejsce. transpozony DNA przenoszone replikatywnie lub konserwatywnie
transpozony złożone start learning		para elementów IS, zawierają gen kodujący np. oporność na antybiotyk np. tetracyklinę
transpozony RNA start learning		(retroelementy) przenoszą się za pośrednictwem kopii RNA, tylko u eukariotów 2 typy: mające długie powtórzenia końcowe (LTR), nie mające LTR
Mutacje genowe start learning		zmiana sekw. nukleotydów
tranzycja start learning		puryna → puryna, pirymidyna → puryna
transwersja start learning		puryna → pirymidyna, pirymidyna → puryna
Mutacje chromosomowe start learning		zmiana struktury chromosomów
delecja start learning		utrata fragmentu chromosomu, terminalna/interstycjalna miejsca kruche: 2q13, 10q25.2, Xq27.3 rodzaje: konstytutywne (powszechne), dziedziczne (rzadkie)
translokacja start learning		przemieszczenie fragmentu chromosomu, np. robertsonowskie (dot. chromosomów akrocentrycznych: 13, 14, 15, 21, 22) chłoniak Burkitta, wzajemne
anueploidie start learning		zwiększenie/zmniejszenie liczby chromosomów o pojedyncze chromosomy
euploidie (poliploidie) start learning		euploidie (poliploidie)
Czynniki mutagenne start learning		indukują powstawanie mutacji spontanicznych
Fizyczne start learning		promieniowanie jonizujące: X, α, β, γ, kosmiczne, protony i neutrony emitowane przy rozpadzie promieniotwórczym
trwałe stosowanie małych dawek, a czynniki mutagenne start learning		liczba indukowanych mutacji jest mniejsza niż przy jednorazowym napromieniowaniu
Czynniki mutagenne fizyczne start learning		promieniowanie jonizujące: X, α, β, γ, kosmiczne, protony i neutrony emitowane przy rozpadzie promieniotwórczym
Czynniki mutagenne chemiczne deaminujące start learning		pochodne HNO 2 , dwusiarczan sodowy, hydroksylamina (NH 2 OH)
Czynniki mutagenne chemiczne alkilujące start learning		metylosulfonian metylu (MMS), sulfonian dietylowy, sulfonian etylometylowy, iperyt azotowy, etylonitrylozomocznik
chemiczne analogi zasad azotowych czynniki mutagenne start learning		2-aminopuryna, 5-bromouracyl
czynniki mutagenne chemiczne czynniki interkalujące start learning		akrydyna, oranż akrydynowy, akryflawina - prowadzą do nieprawidłowej replikacji i delecji/insercji
reaktywne formy tlenu i wolne rodniki czyniki mutagenne start learning		rodnik hydroksylowy, nadtlenek wodoru
chemiczne czynniki mutagenne policykliczne węglowodory aromatyczne start learning		benzo[a]piren - powstają z kreatyniny, cukru i aminokwasu pod wpływem ↑ temp. (smażenie mięsa)
chemiczne czynniki mutagenne leki stosowane w chemioterapii start learning		bulsulfan, cyklofosfamid, aminopteryna, aktynomycyna C i D
produkty pirolizy aminokwasów, chemiczne czynniki mutagenne start learning		mikotoksyny (np. aflatoksyny), środki konserwujące (np. azotyn sodowy)
Czyniki biologiczne mutagenne start learning		wirusy: DNA - Herpes virus, Papilloma virus, wirusy: RNA - retrowirusy
Mechanizmy naprawy DNA naprawa DNA: start learning		kompletna, niekompletna (wtedy powstają mutacje genowe lub aberracje chromosomowe)
najważniejsze enzymy: mechanizmy naprawy DNA start learning		polimerazy DNA, glikozylazy DNA, topoizomerazy, helikazy, endonukleazy apurynowe/apirymidynowe, ligazy DNA, fosfatazy DNA
Dna łącznikowe czy rdzeniowe szybciej się regneruje? start learning		dna łącznikowy
Bezpośrednia rewersja (odwrócenie reakcji) uszkodzenia start learning		jednoetapowo: bezpośrednia rewersja i/lub rekombinacja dwuetapowo: wycięcie zepsutego i synteza naprawcza
metylotransferaza MGMT start learning		bezpośrednia naprawa DNA, katalizuje przeniesienie gr. alkilowej z at. O 6 guaniny na cysteinę
alkilotransferaza start learning		pobrana gr. alkilowa przeniesiona na enzym inaktywuje go najwyższy poziom ekspresji: kom. wątroby, najniższy: kom. prekursorowe szpiku u E. coli wprowadzone gr. alkilowe usuwa enzym Ada
fotoreaktywacja przez fotoliazy (50-55 kDa) start learning		rozłączanie dimerów pirymidynowych przy udziale światła 400-500 nm
fotoliazy zawiera dwa chromofory, np? start learning		np. FADH -, metylonylo-tetrahydrofolian (MTHF), 8-hydroksy- deazoflawina (8-HDF) - absorbcja kwantów
Usuwanie błędnie sparowanej zasady start learning		identyfikacja poprawnie zsyntezowanej nici. u e. coli->stopień metylacji DNA, u euk. przerwy w ciągłości nici potomnej
MutS start learning		rozpoznaje błędnie sparowanej zasady, insercja i delecja do 4 nukleotydów
geny mutatorowe start learning		kodują białka uczestniczące w rozpoznaniu i naprawie
MutL start learning		stabilizuje kompleks MutS-DNA, odpowiada za połączenie z białkiem MutH
MutH start learning		przyłącza się naprzeciw najbliższej zmetylowanej adeniny w nici rodzicielskiej, nacina potomną
UvrD start learning		helikaza II, rozkręca nić
egzonukleaza start learning		wycina zły fragment
Pol DNA III start learning		dosyntetyzowuje odpowiedni fragment
Naprawa przez wycinanie zasad azotowych (BER) start learning		podlegają zasady poddane: deaminacji - uracyl, hipoksantyna utlenieniu - glikol tyminy, 8-hydroksyguanina alkilacji - 3-metyloadenina, 7-metyloguanina lub niesparowane
N-glikozylazy monofunkcyjne i dwufunkcyjne start learning		rozpoznają uszkodzone zasady i usuwają je, powstają miejsca AP (apurynowe/apirymidynowe) endonukleaza działa na miejsca AP i poszerza lukę, uzupełniana przez polimerazę
Naprawa przez wycinanie nukleotydów (NER) start learning		bardziej złożony od BER, wymaga ATP mogą być usunięte: fotodimery pirymidyn, objętościowe addukty, uszkodzenia zaburzające konformacje DNA
Naprawa wiązań krzyżowych start learning		U E. coli - NER + rekombinacja homologiczna U ssaków: nukleaza XPF∙ERCC1 w obecności RPA trawi jedną z poprzecznych nici 3’→5’ (powstaje: wewnątrzniciowy dwunukleotydowy zw. addycyjny i dwuniciowe pęknięcie)
Odpowiedź SOS start learning		prokarioty, uruchamiany po powstaniu ↑ uszkodzeń, które blokują działanie kompleksu replikacyjnego bierze udział ok. 20 genów. jest systemem mutagennym - po naprawie może pozostawić błędy. kompleks UmuD-UmuC - polimeraza DNA V
RecA start learning		aktywator odpowiedzi SOS, pokrywa uszkodzony jednoniciowy DNA, umożliwia działanie ww. kompleksowi
polimeraza DNA III start learning		kontynuuje replikację po ominięciu uszkodzonego fragmentu
Xeroderma pigmentosum (XP) start learning		autosomalna recesywna, wrażliwość na światło ☼, wadliwy mechanizm NER,
XP-V start learning		podobny klinicznie do XP, NER działa prawidłowo, uszkodzenie genu kodującego polimerazę η (prawidłowa wbudowuje dAMP naprzeciwko T-T)
SNP start learning		zmiany polegające na modyfikacji 1 nukleotydu w danym miejscu genowym u niespokrewnionych osob, dotyczy głownie genów niekodujących (ich wpływ na fenotyp jest znikomy lub żaden)
zmienność fluktuacyjna start learning		daje się określić w jednostkach miary (wzrost, waga, IQ, liczba erytrocytów, pigmentacja skóry, włosów)
Kiedy dochodzi do rekombinacji? start learning		dochodzi w momencie pęknięcia nici DNA i wymiany frag miedzy cząsteczkami DNA lub chromosomami homologicznymi • rekombinanty mogą pojawiać się po mitozie, mejozie i w procesie koniugacji u bakterii
Rekombinacja homologiczna (HR) start learning		=ogólna –gdy rekombinujące cząsteczki mają identyczną lub b. podobną sekwencję nukleotydową
Rekombinacja a allele start learning		rekombinacje nie prowadząc do powstawania nowych alleli genów, ale do ich tasowania i powstawania nowych kombinacji
Rekombinacja Prokariota start learning		u Prokariota rekombinacja następuje w wyniku: losowego doboru koniugatów; rekombinacji zlokalizowanej, transpozycyjnej i homologicznej w czasie koniugacji
Eukariota rekombinacja start learning		może zajść w wyniku: losowego doboru osobników rodzicielskich; losowej segregacji chromosomów w spermatogenezie i oogenezie; losowego łączenia się gamet; rekombinacji homologicznej (crossing-over), zlokalizowanej i transpozycyjnej
rekombinacja homologiczna start learning		zachodzi pomiędzy homologicznymi cz. DNA (fragmenty na ch. homologicznych) albo 2 częściami pojedynczego chromosomu
rekombinacja nieuprawniona- start learning		crossing-over miedzy cząsteczkami niehomologicznymi
znaczenie rekombinacji u Eukariota start learning		:usuwanie dwuniciowych pęknięć DNA, utrzymanie stabilności widełek replikacyjnych, mejotyczna segregacja chromosomów, zachowanie telomerów
rekombinacja homologiczna u E. coli start learning		katalizowana jest przez białka kodowane w genach rec
kompleks białkowy RecBCD start learning		odpowiada za przygotowanie niezbędnego do rekombinacji jednoniciowego DNA (ssDNA)
kompleks RecBCD start learning		ma aktywność helikazy i nukleazy dlatego może rozcinać i napinać dwuniciowy DNA (sdDNA)
proces rozplatania DNA start learning		dzięki hydrolizie ATP jest szybszy niż ponowne łączenie się nici
miejsce χ(chi) start learning		zawiera sekwencję 5’-GCTGGTGG-3’ – w tym miejscu dochodzi do nacięcia nici i powstania ssDNA
kolejny etap to przyłaczanie białka SSB start learning		stabilizuje ssDNA i zabezpiecza przed tworzeniem się struktur „spinki do włosów” przed zawiązaniem się RecA
związanie białka RecA start learning		powoduje wytworzenie filamentu, spiralnie zwiniętego 1-niciowego DNA
kompleks ssDNA-RecA start learning		ma zdolnośc do wiązania się z sdDNA -> dzięki temu możliwe jest szukanie w sdDNA miejsc homologicznych
podczas owijania się jednej nici wokół drugiej tworza się start learning		napięcia torsyjne, które znosi topoizomeraza I
RuvA i RuvB start learning		proces wzajemnego przemieszczania się nici katalizują bialka
struktury typu Hollidaya start learning		rozcina białko RuvC, następnie ligaza łączy wolne końce
ssbDNA start learning		pekniecie jednej nici.
dsbDNA start learning		pekniecie obydu nici
białka biorące udział w HR start learning		RAD 52 (RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, RAD57, RAD59, RDH54 I XRS2) – białka te należa do rodziny białek SMC; nukleazy (Mre11, Exo1, Sae2, Rad1-Rad10), helikazy Sgs1 i Srs2, topoizomeraza III. polimeraza Pol32 i ligazy
inne mediatory w kom eukariotycznych start learning		białka BRCA1 i BRCA2
w rekombinacji niehomologicznej obróbką wolnych końców zajmują się start learning		Nbs1 Mre11 Rad50,
rozpoznawaniem wolnych końców dwuniciowego pęknięcia DNA zajmują się start learning		Ku70 i Ku80
kompleks Ku70/Ku80, jaka budowa start learning		kompleks ten jest heterodimerem i wchodzi w skład zależnej od DNA serynowo – treoinowej kinazy białek DNA-PK
kompleks ku70/ku80 co robi start learning		który zabezpiecza wolne końce przed działaniem nukleaz oraz przyciąganiem kolejnych białek biorących udział w NHEJ
kompleks białka RAD50 start learning		rekombinazy wykazujące zdolności ATPazy: MRE11 – egzonukleaza ukierunkowana 3’-> 5’ oraz białko NBS1 – łaczy DNA; kompleks ten ulatwia wiązanie obu końców nici DNA
Rekombinacja zlokalizowana start learning		dotyczy wymiany niehomolohicznych, ale specyficznych fragmentow • katalizowana przez białka rozpoznające specyficzne sekwencje zasad
zmienne rejony genów lancucha lekkiego immunoglobulin start learning		powstają w wyniku polaczenia genów V i J, a łańcuch ciezki V, D i J -
plazmidy start learning		są replikonami i mogą podlegać replikacji niezależnie od zachodzenia tego procesu w DNA gospodarza
Rekombinacja transpozycyjna start learning		nie jest to rodzaj rekombinacji tylko proces, który wykorzystuje rekombinacje do przenoszenia fragmentow DNA z jednego miejsca w genomie w inne
transpozony DNA które przenosza się replikatywnie start learning		– pierwotny transpozon pozostaje na swoim miejscu a jego nowa kopia pojawia się w innym miejscu w genomie
transpozony DNA, które przenoszą się konserwatywnie start learning		transpozycja niereplikacyjna – pierwotny transpozon przemieszcza się na nowe miejsce w procesie wycięcia i wklejenia
transpozony RNA – retroelemnty, start learning		przenoszą się za pośrednictwem kopii RNA – są cechą charakterystyczna Eukariota i nie odkryto ich u Prokariota – dziela się na majace długie powtorzenia LTR i LTR bez powtorzen
najprostszy przykład transpozonów DNA start learning		sekwencje insercyjne IS u Prokariota np. u E. coli – kodują enzym transpotazę, która katalizuje transpozycję
transpozony złożone start learning		są parą elementów IS – zwykle zawierają geny o odporności na antybiotyki np. tetracyklinę
u człowiek transpozycji podlegają geny start learning		krótkie rozproszone elemnty SINE, długie rozporoszone elemnty LINE, retroelementy LTR i transpozony DNA
mutacje nienaprawione start learning		są przekazywane potomstwu
mutacje spontaniczne start learning		bledy wymykające się spod kontroli polimeraz DNA syntetyzujących nowe lancuchy polinukleotydowe; najczescie powodowane bledami podczas replikacji lub samorzutna modyfikacją zasad azotowych
mutacje indukowane start learning		w wyniku działania mutagenu na czDNA
hemonoglobinopatie start learning		(Hb M-Boston: alfa 58His-> Tyr, Hb Koln: beta 89Wal-> Met, Hb S: beta 6Glu-> Wal, HbC: beta 6Glu-> Liz)
Translokacje start learning		to przemieszczenie fragmentu z jednego chromosomu do drugiego • najczęściej przebiegają miedzy 2chromosomami, ale może być ich więcej • translokacja miedzy chromosomami niehomologicznymi = wzajemna – najczęściej dotycza dwóch, rzadziej trzech chromosomow
typem translokacji wzajemnych są t. robertsonowskie start learning		typu fuzji – mogą być zrownowazone i niezrownowazone
translokacje robertsonowskie start learning		u człowieka dotyczą chromosomów akrocentrycznych grupy D (13,14,15) i G(21,22)
chłonniak Burkitta start learning		spowodowany translokacją wzajemną między chromosomami 8 i 14 t(8;14)
zespół Downa start learning		wynika z translokacji niezrównoważonej obejmującej chromosom pary 21
w t. robertsonowskich zrównoważonych start learning		nie zmienia się ilość materialu genetycznego tylko jego lokalizacja -> człowiek w wyniku takiej translokacji ma 45 chromosomów i brak objawow fenotypowych
u nosicieli t. wzajemnych zrównoważonych start learning		(obejmujących ch. akrocentryczne jak i pozostale pary) mogą powstawać gamety z niezrownowazonym materialem, które będą przekazywane potomstwu
w t. niezrowonowazonej start learning		ilość mat. genet. jest powiekszona o dodatkowa kopie translokowanego chromosomu chociaż liczba chromosomow wynosi 46; dochodzi do zaburzen fenotypowych
niektóre miejsca chromosomu maja szczególna łamliwość, JAKIE? start learning		miejsca kruche genomu: 2q13 , 10q25.2 , Xq27.3 , chromosomy: 6, 9, 12, 20 – miejsca szczególnie wrażliwe na działanie mutagenów i karcerogenow
Chromosom dicentryczny start learning		zawiera 2 centromery • podczas mitozy rozrywa się na 2 czesci do komorek potomnych • chromosomy dicentryczne w kom. somatycznych człowieka sa wynikiem narazenia na silne mutageny chemiczne
Mutagenne działanie związków chemicznych start learning		np. deaminacja adeniny prowadzi do wytworzenia hipoksantyny, która łączy się z cytozyna - > prowadzi do zamiany w czasie 2 cykli replikacyjnych pary AT na GC
deaminacja cytozyny start learning		prowadzi do powstania uracylu -> prowadzi do zamiany par CG na AT
hydroksylamina NH2OH start learning		reaguje z cytozyna zamieniając ja na uracyl co prowadzi do tranzycji C->T
związki alkilujące start learning		powodują najczęściej alkilacje guaniny w pozycji N7 i adeniny w N3 -> powoduje to osłabienie wiązania z pentozą i depurynizajcę DNA -> może w tym miejscu dojść do tranzycji albo transwersji
barwniki akrydynowe start learning		wnikają miedzy pary zasad azotowych-> deformują strukturę- > prowadzą do delecji lub insercji
dlugotrwale gotowanie/smażenie miesa w temp pow 150stopni start learning		-> piroliza aminkowasow -
nitrozaminy start learning		powstają w reakcjach II i IIIrz amin z azotynami glownie przez N2O3; czynnikiem hamującym jest kwas askorbinowy
Mutagenne działanie czynników fizycznych start learning		reaktywne formy tlenu i wolnych rodników: nadtlenek wodoru, anionorodnik ponadtlenkowy, rodnik hydroksylowy, nadtlenkowy rodnik lipidowy (LOO), nadltenkowy rodnik azotowy (NOO), tlenki arenów
promieniowanie UV powoduje zmiany w start learning		w pirymidynach – glownie wytwarzanie dimerow pirymidynowych T-T i C-C i C-T, glownie powoduje tez tranzycie i transwersje
Usuwanie błednie sparowanej zasady czego dotyczy start learning		dotyczy usuwania błędów replikacyjnych, których nie usunęły polimerazy; błędów z replikacji; błędów przez działanie zw. chem.
UvrD start learning		helikaza II; rozkreca nic DNA od miejsac rozcięcia przez MutH do miejsca blednego sparowania
u człowieka homologami bakteryjnych: start learning		MutSalfa i MutSbeta sa białka hMSH2, hMSH3, hMSH6 a MutL – hMLH1. hPMS2, hPMS1
Naprawa przez wycinanie zasad azotowych start learning		naprawie tej podlegają zasady azotowe uszkodzone w procesie alkliacji, deaminacji, utleniania lub zasady niesparowane • jest to naprawa przez wycinanie zasad BER
glikozylazy DNA start learning		wyciagaja uszkodzona zasade i wbudowują do centrum aktywnego enzymu
komórki ssaków czynniki naprawcze start learning		RPA, XPA, XPC WFIIH, XPG, XPF ERCC1)
Zespół Cockayne’a start learning		CS • dziedziczona autosomalnie recesywnie • spowodowany mutacją w genie ERCC8 zlokalizowanym na chromosomie 5 - 5q11, gen ten koduje 8 białek do naprawy w systemie NER (CS-A); mutacja w genie ERCC6 na chromosomie 10 10q11 – CS-B
Zespół Blooma = BS start learning		dziedziczony autosomalnie recesywnie • występuje najczęściej u Żydów aszkenazyjskich
Zespół Wernera start learning		dziedziczony autosomalnie recesywnie • spowodowany mutacja w genie WRN – w chromosomie 8 – 8p12-p11.2; gen ten koduje bialko WRN zbudowane z 1432 aminokwasów • komórki bardziej podatne na mutacje, więcej uszkodzonych miejsc
Ataksja – teleangiektazja = zespół Louise-Bar start learning		dziedziczona autosomalnie recesywnie • mutacja w genie ATM na chromosomie 11 – 11q22-23, którego produktem jest kinaza ATM - serynowo-treoninowa
Zespół Nijmegen = NBS start learning		dziedziczona autosomalnie recesywnie; objaw mutacji w genie NBS1 zlokalizowanym na ch. 8 – 8q21 • gen ten koduje bialko nibrynę, która wchodzi w skład kompleksu dwuniciowych pekniec DNA powstałych glownie w wyniku promieniowania jonizującego
Kompleks białkowy REC BCD wykazuje aktywność... i dzieki temu start learning		helikazy i nukleazy, dzięki czemu może rozplatać i nacinać dwuniciwoy DNA (dsDNA_
Proces rozplatania dsDNA zachodzi dzięki start learning		hydrolizie ATP
Po spotkaniu miejsca chi przez recBCD start learning		dochodzi do nacięcia nici w pobliżu tego miejsca i powstania fragmentu ssDNA
SSB stabilizuje start learning		1-niciowy DNA
Białko SSB zabezpiecza... przed... start learning		ssDNA przed tworzeniem struktur typu spinka do włosów do czasu związania z RecA
Związanie białka RecA z ssDNA powoduje start learning		wytworzenie filamentu, spiralnie zwiniętego 1-niciowego DNA
Kompleks ssDNA-RecA ma zdolność start learning		parowania z 2niciowym DNA
Dzieki kompleksowi ssDNA-RecA możliwe jest start learning		przeszukiwanie 2niciowego DNa w celu znalezienia miejsc homologicznych
ssDNA-RecA po odnalezieniu sekwencji komplementarnych start learning		nić dokonująca inwazji wypiera stara nić i powstaje pętla D. Do tego procesu jest wykorzystywana energia z hydrolizy ATP.
Podczas owijania się jednej nici DNA wokoł drugiej powstają start learning		napięcia torsyjne, które znosi enzym topoizomeraza I
Proces wzajmnego przemieszczania się nici katalizuj start learning		białka RuvA i RuvB, wykorzystujące energię z ATP
Połączenia typu Hollidaya rozcina start learning		nukleaza RuvC; następnie ligaza DNA odpowiednio łączy wolne końce
Model Hollidaya to inaczej start learning		Model rekombinacji homologicznej, model Meselona-Raddinga
Zasadniczym elementem modelu Hollidaya/Messelsona-raddinga jest start learning		tworzenie się heterodupleksu w wyniku wymiany fragmentów polinukleotydowych między dwiema homologicznymi cz. DNA
Transpozony DNA, które przenoszą się replikatywnie start learning		pierwotny transpozon pozostaje na miejscu, a jego nowa kopia pojawia się w innym miejscu w genomie
Transpozony DNA, które przenoszą się konserwatywnie (transpozy. niereplikacyjna) start learning		Pierwotny transpozon przemieszcza się w nowe miejsce w procesie wycięcie i wklejenia
Transpozony RNA start learning		przenoszą sięza pośrednictwem kopii RNA
Transpozony RNA są cechą charakterystyczną start learning		genów eukar., nie zostały odkryte u prokariotów.
Kategorie transpozonów RNA start learning		a) mające długie potwórzenia końcowe (LTR), b) niemające powtórzeń końcowych
Usuwanie błędnej sparowanej zasady; jakie sekwecje u e. coli? start learning		5'GATC3' ->6metyloadenina, 5'CCAGG3' -> 5metylocytozyna
Usuwanie błędnej sparowanej zasady; u e. coli, w nowo syntetyzowanej nici start learning		nie będzie zmetylowanych sekwencji
Usuwanie błędnej sparowanej zasady u eukariota: start learning		Przerwy między fragm. Okazaki na nici opóźnionej i między miejscami starterowymi w nici prowadzącej
Polimeraza DNA V start learning		2 Umud + 1 Umuc
Na każdym końcu elementu IS znajduje się start learning		para odwróconych powtórzeń długości 9-41 pz.

BIOL MOL 4

You must sign in to write a comment

More